食用菌行業擁有了專業的培養基滅菌器行業標準。目前，食用菌行業根據滅菌器的大小及工作范圍等不同，將滅菌器分為了以下幾類：
1立式小型高壓蒸汽滅菌器
立式小型高壓蒸汽滅菌器多為圓形筒體，在筒體底部配有電熱管，使用時設備自動加水，電熱管通電后將水加熱，從而產生高壓蒸汽并對滅菌物品進行滅菌。立式蒸汽滅菌器采用微電腦自動控制，內置培養基滅菌程序，用戶可根據自己生產工藝的需要自主設定滅菌程序。該類滅菌器容積一般為60~300L，主要滅菌對象為小體型的滅菌物品，如培養皿、試管、三角瓶等，因其小巧靈活、無需外接蒸汽源，所以多用于菌種實驗室。
2大型臥式脈動真空高壓蒸汽滅菌器
大型臥式脈動真空高壓蒸汽滅菌器的內室為矩形臥式，體積為2~70m3，該類滅菌器采用脈動真空高壓蒸汽滅菌原理滅菌，即食用菌培養基進入滅菌器后，先進行3~6次的抽真空過程，強制排出滅菌器內的冷空氣，然后階段式升溫、保壓滅菌、排汽。該類滅菌器主要滅菌物品為栽培瓶、栽培袋，因其體積大、滅菌物品多等因素，在滅菌過程中會耗用大量飽和蒸汽，所以需要外接1個獨立蒸汽源，目前食用菌行業多采用大型燃煤蒸汽鍋爐。大型臥式脈動真空高壓蒸汽滅菌器。
3自動進出型脈動真空高壓蒸汽滅菌器
自動進出型滅菌器是在大型臥式脈動真空高壓蒸汽滅菌器的基礎上增加了自動進出機構，實現了滅菌物品進、出的自動化，降低了工人的勞動強度，提高了滅菌器的使用效率，降低了生產過程中的物流成本，已被越來越多的大型工廠化食用菌企業所采用。 隨著國家對環保要求的進一步提高，各地區將會逐步取締正在使用的燃煤鍋爐，這將會廣范影響到廣大食用菌生產企業。在未來，小型食用菌生產企業將會采用一體式的食用菌滅菌器，這種滅菌器無需外接蒸汽源，設備配置燃油或者燃氣裝置，自身產生蒸汽用于滅菌，該類滅菌器達到國家環保排放要求，無需另配鍋爐，將會被各類小型食用菌生產企業所青睞。規模較大的食用菌生產企業將會采用燃油或燃氣的獨立鍋爐供應蒸汽，燃煤鍋爐將會退出食用菌舞臺。
